Las líneas de trabajo de la COMJIB se han desarrollado a lo largo de las 21 Asambleas Plenarias que hasta la fecha se han celebrado. La XV Asamblea Plenaria (2006) celebrada en el Reino de España (Las Palmas Gran Canaria) acordó la suscripción del Acuerdo de Sede de la Conferencia; la XVI Asamblea Plenaria (2008) en la República de Costa Rica (San José) aprobó su Reglamento de Funcionamiento Interno, habiéndose desarrollado en estas asambleas las líneas de trabajo de la Conferencia; la XVII Asamblea Plenaria (2010) ocurrida en los Estado Unidos Mexicanos (México D.F.) aprobó la creación del Observatorio Iberoamericano de la Justicia y presentó Iber@, como el sistema de comunicación segura en materia de cooperación jurídica internacional de IberRed; la XVIII Asamblea Plenaria (2013) de Chile (Viña del Mar) aprobó el Convenio Iberoamericano de Equipos Conjuntos de Investigación y las recomendaciones relativas a la Corrupción en el Comercio Internacional y la Corrupción de Funcionarios Públicos, la Guía de Desarrollo de Infraestructuras Penitenciarias, entre otros documentos; en la República Dominicana, sede de la XIX Asamblea Plenaria (2015), se adoptarían la recomendaciones de Armonización de la Legislación en Materia de Drogas, la Declaración Iberoamericana de Justicia Juvenil Restaurativa, el Protocolo Regional de Atención a la Víctima de Violencia de Género, entre otros documentos, como la Estrategia 2017-2017, que se continuaría con la aprobación de la Estrategia 2017-2019, en la XX Asamblea Plenaria celebrada en la República de Ecuador, oportunidad en la que se aprobó el Plan Iberoamericano sobre Modernización y Nuevas Tecnologías y, se creó el Comité de Género de la Conferencia.

La XXI Asamblea Plenaria (2019) en la República de Colombia (Medellín), acordó como líneas para el Plan de Trabajo 2020-2022: a) Acceso a la justicia y sinergias con el Programa Iberoamericano de Acceso a la Justicia (liderada por Chile); b) Nuevas tecnologías aplicadas a la administración de justicia (liderada por Portugal); c) Cooperación jurídica internacional e IberRed (liderada por España); d) Reforma de los sistemas penitenciarios (liderada por República Dominicana) y; e) Equidad de género (liderada por Colombia y Cuba) Adicionalmente, se propuso considerar la Lucha contra la Corrupción como línea de trabajo transversal o línea de trabajo independiente, se actualizó y aprobó la reglamentación para la organización de la Conferencia y, se celebró el tratado relativo a la Transmisión Electrónica de Solicitudes de Cooperación Jurídica Internacional entre Autoridades Centrales